2001. urtean Gipuzkoako erakunde eta Miguel Santos kirolari-ordezkariaren eskutik jaio zen taldea da, Donostiako Gipuzkoa Basket izenarekin.
Bere lehenengo urtean, 2001-02 denboraldian, LEB-2 ligan zegoela, Datac informatika denden babesa izan zuen. 11. postuan gelditu zen, baina babesa aurkitzeko arazoen ondorioz, Miguel Santosek hurrengo denboraldia ez jokatzea erabaki zuen.
Bi urte geroago, Bruesa eraikuntza-enpresa eta Kirolgi Gipuzkoako kirol fundazioaren babesarekin LEB-2 ligan parte hartu zuen, Porfirio Fisac entrenatzailearekin.
2004-05 denboraldian LEB-2 ligako bigarren postuan postuan gelditu zen liga-erregularrean, baina igoerako play-offeko final-laurdenetan kanporatua izan zen. Halere, LEB ligara igo zen CB Ciudad de Algecirasi postua erosi ondoren. Horretarako, 144.000 euro ordaindu behar izan zituen.
Bere LEB ligako lehengo urtean liga erregularreko 5. postuan gelditu zen eta ondorioz igoerako play-offak jokatu ahal izan zituen. Han, 3-0 emaitzarekin irabazi zion Drac Inca eta CB Leóneri. 2006ko ekainaren 1ean Polaris Murciari irabazi eta LEB ligako txapelduna izan zen eta ondorioz ACB ligara igo zen.
2006ko uztailean, ACB ligako arauei kasu eginez, Gipuzkoa Basket Club izena San Sebastián Gipuzkoa Basket Club izenaren ordez aldatu behar izan zuen. 3.000 lagunentzako eserlekuak zituen pabilioian jokatzen bazuen, maila igoerari esker 8.000 bazkide bildu zituen eta handik aurrera 11.000 lagunentzako eserlekuak dituen Illunbeko zezen-plazan jokatzen hasi zen.
2006-07 denboraldia ACB ligan jokatu ondoren 18. postuan gelditu zen eta LEB ligara jaitsi zen.
2007-08 denboraldia LEB ligan jokatu zuen oro har 3. postuan geldituz (24 garaipen eta 10 porrot) eta ACB ligara igo zen Teneriferen aurka jokatutako play offean irabazi ostean.